行動チームとは「チーム水・日本」の行動主体であり，水に関わる多種・多様な特定課題に取り組む，多種・多様な主体から構成される．
行動チーム一覧(五十音順)
- アジア・パシフィック水道技術情報ステーション
- 亜臨海水技術活用・資源循環産業チーム
- 生命（いのち）の水・日本
- 生ける水チーム
- インドチーム
- 雨水・土・みどりの再生チーム
- 雨水の活用システム『提案・検証』チーム
- 雨水流出抑制・ヒートアイランド緩和研究チーム
- 汚水（生活排水）オンサイト処理システム普及チーム
- 海外水循環システム協議会チーム
- 海外水ビジネス研究会チーム
- 海抜ゼロメートル地帯防衛計画チーム
- グリーン排水処理技術研究展開チーム
- 健全な水循環の回復・維持に向けて雨水を土壌に還す環境地水広報の実践，普及促進チーム
- 災害時における中小規模「水」供給チーム
- 水害BCP推進チーム
- 巧水（たくみ）スタイル推進チーム
- 地域小水力開発チーム
- 超微細気泡（混相流）で水を科学するチーム
- 「チーム水・日本」広報支援チーム
- チーム水日本・「水の文化と技術」広報チーム
- 都市観光と舟運ネットワーク検討チーム
- 水科学技術基本計画戦略チーム
- 水と緑の連携インフラ整備事業推進チーム
- 水の安全性向上国際プログラム
- 水のデザインによる地歩再生チーム
- 水辺都市再生チーム
- リン資源リサイクル推進チーム
（五十音順）